1、糞便有機肥比糞肥“無害”。

兩種肥料的區別重點在于“腐熟”和“無害”。 糞便有機肥：是用動植物殘體，各種動物糞便，經過高溫發酵工藝無害化后符合農業部（NY525-2012）糞便有機肥的執行標準加工而成的一種糞便肥料。

2、與糞便有機肥相比，糞肥存在許多缺陷：

一是含鹽分較多，容易使土壤鹽化。

二是糞肥帶有大量的病菌、蟲卵，最易引發棚室內的病蟲害。

三是糞肥養分含量不穩定，不能做到合理補肥。

四是糞肥內若含有害物質、重金屬物質時，僅憑借高溫發酵不能去除。

這是因為糞便有機肥具有潔凈性和完熟性兩大特點。糞便有機肥在制作過程中不僅進行高溫殺菌殺蟲，通過微生物完全發酵，并且很好地控制氧氣和發酵溫度，使有機物質充分分解成為直接形成團粒結構的腐殖質等，同時產生的氨基酸和有益代謝產物得以保留。使用后不會產生對作物有影響的物質。 

4、糞便有機肥的養分配比更合理。 

糞便有機肥中的各類養分是可調整的，可以針對不同的土壤狀況使用不同養分含量的產品。